Институт тесно сотрудничает с Министерством молодежи и спорта, а также является головным учреждением Азербайджана, обеспечивая научно-методическое руководство спортивными диспансерами.

В соответствии с поставленными задачами в состав Национального института спортивной медицины и реабилитации входят лечебная, профилактическая, научная и образовательная структуры. Их взаимодействие приводит к улучшению координации и активизирует горизонтальные связи внутри предприятия. Руководство осуществляют директор института и его заместители по медицинской науке и спорту.

В состав института входят следующие кафедры: